U skladu sa odredbom člana 97. Zakona o zdravstvenom osiguranju, osnovana je Stručna služba Zavoda, radi obavljanja stručnih administrativnih i drugih poslova Zavoda. Unutrašnja organizacija Stručne službe Zavoda utvrđena je Pravilnikom o organizaciji i sistematizaciji poslova i radnih zadataka. Stručna služba Zavoda zdravstvenog osiguranja ZDK, obavlja poslove sprovođenja obaveznog zdravstvenog osiguranja, normativno-pravne, upravno-pravne, analitičko-planske, finansijsko-računovodstvene i druge administrativne poslove neophodne za što kvalitetnije sprovođenje regulativnih odredbi važećih zakona, podzakonskih akata i drugih propisa koji regulišu određene poslove i zadatke iz djelokruga Zavoda.
- Direktor................................................................................................................................ Omer Škaljo, prof.
- Pomoćnik direktora iz djelokruga organizacionih jedinica, pravne i opće poslove............................ Haša Begić, dipl. iur
- Pomoćnik direktora za poslove iz djelokruga organizacionih jedinica i ekonomsko-finansijskih posl ..Omer Avdaković, dipl. oec
- Pomoćnik direktora za zdravstvenu zaštitu .................................................................................. dr. med. Adnan Džinić
- IT Rukovodilac .........................................................................................................................
- Pomoćnik direktora za zdravstvenu zaštitu .................................................................................. dr. med. Adnan Džinić
- IT Rukovodilac .........................................................................................................................
- Šef službe.......................................................................................................... mr.iur. Amra Pojskić
- Šef službe ........................................................................................................ Adila Bošnjak, dipl. oec
- Šef službe ......................................................................................................... Petar Marunović, dipl. oec
- Šef službe ......................................................................................................... Nedžmina Zukanović, dipl. iur.