U skladu sa Zakonom o zdravstvenom osiguranju, Zavodom zdravstvenog osiguranja upravlja Upravni odbor koji imenuje Vlada ZDK, na prijedlog ministra zdravstva i socijalne politike. Djelokrug i rad Upravnog odbora regulisan je Zakonom o zdravstvenom osiguranju i Statutom Zavoda a to je:
- donosi Poslovnik o radu,
- donosi odluke o zaključivanju ugovora Kantonalnog zavoda osiguranja sa zdravstvenim ustanovama o pužanju zdravstvenih usluga,
- utvrđuje program djelatnosti obaveznog zdravstvenog osiguranja i mjera za unapređivanje obaveznog zdravstvenog osiguranja, utvrđuje politiku korištenja sredstava obaveznog zdravstvenog osiguranja, daje smjernice za funkcionisanje, Stručne službe Kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja radi pravilnog ostvarivanja prava osiguranih lica i racionalnog poslovanja,
- donosi Statut Kantonalnog zavoda uz saglasnost zakonodavnog tijela Kantona i druge opće akte za čije je donošenje ovlašten zakonom,
- predlaže saglasno zakonu, stope doprinosa za obevzno zdravstveno osiguranje,
- donosi Plan rada Zavoda i Stručne službe
- donosi Finansijski plan i usvaja završni račun,
- daje saglasnost na opći akt o sistematizaciji poslova i radnih zadataka,
- odlučuje o osiguranju dopunskih sredstava i o načinu pokrivanja eventualnih gubitaka nastalih u poslovanju,
- pretresa godišnji izvještaj o radu Kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja i njegove Stručne službe,
- razmatra izvještaj o kontroli vrste, obima i kvaliteta izvršenih zdravstvenih usluga,
- provodi prošireno zdravstveno osiguranje ako je uvedeno odlukom zakonodavnog tijela kantona,
- sarađuje sa drugim Kantonalnim zavodima osiguranja, Federalnim zavodom osiguranja i reosiguranja i drugim organima i organizacijama u stvarima od zajedničkog interesa,
- vrši i druge poslove za koje je ovlašten zakonom.
Zavodom upravlja Upravni odbor koje se sastoji od devet članova koje imenuje Vlada Zeničko-dobojskog kantona na prijedlog kantonalnog Ministra zdravstva i to:
- tri člana iz reda osiguranika zdravstvenog osiguranja
- dva člana iz reda poslodavaca
- četiri člana iz reda zdravstvenih radnika